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审判的准备阶段，裕仁与身边的人就在幕后进行了参与，帮助选定将受到战争犯罪指控的人选，并对他们施加了影响。天皇的亲信寺崎和松平充当了草拟被告名单的ＩＰＳ执行委员会成员的情报提供人。试图保护天皇和重臣的其他随从也是如此。宫廷高官和外务省官员指示巢鸭监狱的Ａ级战犯嫌疑人该如何发言，同时，他们还培养了与基南及许多法律家的关系，其中既包括辩护方也包括检察方。
皇室成员，特别是高松亲王和宫廷内侍松平等人邀请美国律师参加鸡尾酒会、招待会和皇室的“猎鸭”活动，目的是为了赢得他们的欢心，培养合作者和获取情报。裕仁个人也为这种娱乐批准了增加宫廷开支。他的官员们积极配合审问，宣誓作证，因为他们希望将侵略责任推到一小撮军阀身上——同时给人留下天皇和国民完全是被欺骗了的印象。投降后不久就重新组织起来并得到扩展的宫廷集团，在美国关于第二次世界大战终结的官方见解中，成功地插入了虚伪的说明，遮掩了裕仁在延迟投降中所起的作用。这些被基南称作“和平的爱好者”的保守派精英，从某种程度上影响了起诉的过程、法庭程序甚至于最终判决。
东京审判成功地揭露了战争领袖们的谎言，和他们不愿意为在职期间的行为承担刑事责任的事实。它第一次在日本国内公开了暗杀张作霖，和关东军的阴谋导致了满洲事变的事实。审判还为在亚洲和太平洋许多地区发生的虐待杀害盟军俘虏及平民的事实提供了资料证明，其中包括“巴丹死亡行军”和横跨桂河的缅泰铁路等最著名的事件。有关南京大规模暴行的证据得到了承认，在审判松井石根大将时，正值新闻报道了南京战犯审判，其中谷寿夫和矶谷廉介陆军中将因1937－1938年在大屠杀中所扮演的角色而被判处死刑，这些都强化了日本国民对证据的认识。日本人在马尼拉对平民的杀戮也得到了详细的介绍，美国在那里的无差别炮轰也导致了大量死亡。另外，对女性囚犯和占领地区女性强奸的证据的提出，以及在国际战犯法庭对强奸罪的起诉，都为后来建立了积极的先例。
东京审判长期影响了日本的政治态度。许多日本人从被当做国策的战争中汲取教训，下定决心要日本永不再战，将自己投入到使民主主义理想和国际规范运作起来的工作当中。由于东京审判加强了公众对军国主义与战争的憎恨，因此也促进了人们对新宪法的接受。日本的和平运动引用东京审判的证据批判了日本帝国旧的价值体系。在ＣＩＥ的要求下，日本的媒体连日报道了审判的进行情况，尽管受到占领军审查机关的监督，但是在关于日本走向战争的过程上，所报道的内容还是比一般日本人被引导相信的内容要精确得多。此外，检察方和辩护方所收集的大量的文件材料被保留，直至今天仍作为非常宝贵的历史资料被人们所利用着。
尽管如此，在当时和之后的某些日本及外国批判者眼中，东京审判存在着无法挽回的缺陷。法庭没有充分地保护国际刑事法规定的被告的权利。在起诉过程中，检察方把重点放在了共谋罪上——以欧洲的自然法传统和盎格鲁－萨克逊的习惯法为依据的这个法律概念，让大陆法的专家来说，这是一个不明确的、不熟悉的，从历史角度来看已经落后时代的法律概念。基南和麦克阿瑟遵从杜鲁门的政策，故意遗漏了一个在整个17年的所谓共谋期间（1928年1月1日到1945年9月2日）掌握着权力的人物，从而使日本的决策过程变得让人困惑不解。那个人就是天皇：只有他一个人能使共谋的意愿结合起来、发生效力，去发动一场非法的“侵略战争，一场违反国际法、条约、协定和誓约的战争”。
第四部分：东京审判销毁证据和歪曲历史
此外，同盟国也犯下了战争罪行，但是却拒绝将纽伦堡原则应用到自身行为上去。在审判进行的31个月里，美苏之间的冷战逐步恶化也影响了审判的进行。在亚洲，西方的殖民主义仍然健在，这意味着东京审判使帝国主义和国际法之间难以解决的关系凸现出来，而这是纽伦堡审判没有涉及到的领域。没有来自于“荷属东印度”或前殖民地朝鲜的法官，这个事实就说明了问题。更有力的证明是法国和荷兰的动向，这两个国家试图恢复他们在东南亚的殖民统治。还有美国的动向也能说明问题，它在亚洲和太平洋地区的每个角落都有影响力。杜鲁门政权向正在与越南作战的法国提供经济援助。在中国，它认可了投降的日本军为蒋介石方面战斗，并为蒋的军队提供装备和军事顾问，在重新开始的与共产党的内战中援助蒋介石。在亚洲和太平洋不发达地区，美国领导人似乎在追随日本的先例，要给各个国家安排一个合适的位置，使其“各得其所”。
最终起诉书，与详细记述了被告所有被指控罪状的5份“附录”一起，于1946年4月29日，正式提交给法庭。起诉书明确指出了日本的毒品生产和销售问题，附录Ｄ的第九节指控日本在中国的毒气战违犯了国际法。检察方对毒品问题进行了追究，但是中止了对毒气使用的指控。
由基南指派负责调查“1937－1945年对中国的军事侵略”的法务官托马斯·Ｈ·莫罗上校，1946年3月来到中国，对毒气问题进行了调查。他4月16日给基南的报告引来了美国化学战部队（ＣＷＳ）的秘密反击。ＣＷＳ列出一大堆法律理论，主张日本在实施化学战时没有不法行为。ＣＷＳ开发了世界上最先进的毒气兵工厂，而且在第二次世界大战中没有获得使用其新武器机会，因此它希望法庭不要对使用毒气作出有罪认定，特别是在他们相信与苏联的战争即将来临之际。直到今天也不清楚，是不是麦克阿瑟或某个美国陆军指挥系统身居高位的人下达决定，实际上中止了追究日本陆军使用化学武器的指控。不过，在开庭之后的两个月之内，这个问题就被搁置了下来。缺乏想像力的杜鲁门总统没有意识到问题的关键，罗斯福曾经谴责毒气为非法、残忍的战争手段，杜鲁门事实上认可了对罗斯福这一战时政策的推翻。染指化学战的日本军官们和不希望国际法束缚手脚的美国陆军领导人是最大的受益者。而同时，世界却失去了阻止化学武器扩散的机会。1946年8月12日，也许是因为这个问题，失望的莫罗上校辞职返回了美国。
麦克阿瑟和同盟国以国家利益为由对许多人免于了起诉，其中就有应对中国的细菌战承担责任的石井四郎军医中将和731部队的官兵。据估计，有3000到1万人在石井的生物试验所被杀害，多数为中国人俘虏，而这个事实却被东京审判所忽视。美国联合参谋总部和麦克阿瑟认为得到与杀人有关的实验数据比审判更重要。
许多日本人中挥之不去的“圣战”意识和旧价值观的延续，无疑缩短了战争犯罪被揭露后的反省时间。多数日本人认为，战争是一种自然现象，国家之间即使没有过错也可能发生，这种认识妨碍了他们对在中国发生的战争暴行的反省。在某些日本作家看来，个人主体性差、过度依赖他人观点的民族性也是造成这种倾向的原因之一。但是日本战争犯罪被如此之快地遗忘的主要原因与裕仁本人有关。除非裕仁为他在战争中所起的作用，特别是他没能而且也不想要求日本军队遵守比忠诚和功勋更重要的道德行为标准，而受到法庭审判，或被质询，否则，侵略战争的合法性——日本入侵亚洲太平洋各国是为了解放他们的信念——就不会彻底失去市场。毕竟，许多日本人在参加战争时都与天皇有着共犯的关系，全体国民都认为，既然天皇对战争不负有责任，他们也不应该承担什么责任。
日本国民开始极为认真地面对战争的负罪感，可是麦克阿瑟和杜鲁门不公正地分摊责任的早期决定，让木户和东条做了天皇的替罪羊，缩短了这种反省认识的时间。杜鲁门1947－1948年戏剧性的政策转变更是加速了这个过程。在被分割的德国也发生了同样的情况，由美国高级专员约翰·麦克洛伊执行的杜鲁门政策，通过重新定义非纳粹化计划的范围，使适用对象仅限于少数几个德国犯罪者，从而限制了计划的影响力。东京审判与并行的剥夺公职运动，没有解决日本关于战争责任的多方面的问题。从某种程度上，反而使问题变得更加棘手。
保护天皇和重塑天皇形象是复杂的政治任务，只有通过大肆夸张日本社会巨变造成的威胁、操纵证言、销毁证据和歪曲历史方能达成。不知裕仁是否因这种对正义的歪曲而感到过不快，是否将这些情况在他向皇祖皇宗的神灵禀告时提到过。我们可以确定的是，直到处决东条为止的整个审判期间，裕仁从没有忘记过自己更大的目标，那就是摆脱国内外要求他退位的压力，保留君主制并因此在日本人的政治生活中维持稳定的领域和正统性的原理。
第五部分：再造神秘性命天皇停止参拜靖国神社
占领进入第5个月，迎来了1946年新年，此时的日本国民似乎被扯成了两半。一方面，复员军人和失业平民源源不断地从亚洲大陆被遣返回来。数百万人无家可归，与之相伴的是，食物配给失控，各地黑市兴起。农民为谋求村镇政府的民主化，展开了政治斗争。土地改革尚未开始，但佃农和小自耕农已在表达对地主阶级——明治以来，战前天皇制的社会支柱——的不满。另一方面，早已明显存在的混乱和士气消沉开始为精神上的骚动和亢奋所替代。不只是左翼，就是许多平民也认为，战败和占领将很快带来根本的、彻底的改革。大规模制度变革似乎已经近在眼前。
1月13日，学习院教员、ＧＨＱ民间情报教育局非正式顾问的雷金纳得·布莱思写信给裕仁的侍从长藤田尚德。他认为食物配给制度很快就会崩溃，建议天皇对这个严重问题采取措施：
只有天皇有能力为粮食不流入黑市得到适当的分配，提供一种感召力。天皇应该巡回日本，访问煤矿和农村，倾听人们的诉说，与他们谈话，向他们了解情况。归来后，他应当针对如食品囤积、现在正是需要与战时同样的牺牲精神等问题，发表一份声明。他应该以情动人，呼吁日本民众互相分享存粮。①
裕仁为改善岌岌可危的现状开始了他的“巡幸”，这一举动得到了麦克阿瑟和ＧＨＱ公共关系顾问的积极支持，他们希望他表现出“真正关心国民”的姿态来。②最初与民众见面时，裕仁一方是窘迫至极，民众一方则是震惊和半信半疑。
3月26日，记者马克·盖恩在群马县高崎市一家治疗战争负伤者的医院见到了巡幸中的天皇。时值裕仁刚刚走下神坛，并希望推动这个过程的初始阶段，盖恩留下了这样一段令人印象深刻的描述：
我得以仔细地观察天皇，我们亦叫他“查理”。他是一个小个子男人，大约五英尺两英寸那么高，穿着一件剪裁糟糕的灰色条文套装，裤子短了两英寸。他有很明显的面部痉挛，而且右肩不停地抖动。走路时，右腿稍微向外撇，似乎控制不了它。他显得很兴奋